（一）、总体设计与厂房布局
保健食品厂的总体设计应符合下列要求：
1.远离严重污染源：新建、迁建或改建时，将厂址选择在环境良好，周围无严重污染源的地方，这是建设保健食品洁净厂房的必要前提；
2.水源丰富，水质要好；
3.交通运输要方便；
4.能源要有保障；
5.地形、地质等要符合要求。

在保健食品企业总图布置中应注意几个原则：
1.全厂总图布置应该符合生产工艺流程的需要，生产作业线要短，并尽可能减少生产线的迂回和交叉。同一厂房和邻近厂房进行的各项生产操作不得相互妨碍。
2.要妥善处理厂区内洁净厂房与非洁净厂房以及其他严重污染源之间的相对位置。
3.洁净厂房之间，由于产品各具特点，它们的相对位置也应予以合理安排。
4.符合消防安全要求，厂房间距、道路等应符合{建筑设计防火规范}的要求。
5.安排好全厂的人员路线和货流路线，人流与货流应有不同的出入口，避免人货混杂交叉。全厂水、电、汽、制冷等公用工程系统的各类负荷中心要与供应来源靠近，时能量损失最小，供应管线最短。
6.应考虑到今后厂房生产的发展。新产品的开发以及综合利用的可能性等多种因素，为工厂发展留有余地。
7.要尽可能采用集中式布置方式，合理组合厂房。
8.绿化     厂房周围应绿化，采用组合厂房，可空出面积搞绿化。对于绿化系数，地方和开发区都有指标，一般应为30.
（二）车间洁净分区
车间内应按生产工艺和卫生、质量要求，划分洁净等级别。原则上应分为一般生产区、30万级区、10万级区。
根据{保健食品良好生产规范审查方法和评价准则}保健食品生产的洁净等级：
 固体保健食品： 片剂、胶囊剂、丸剂、颗粒剂、散剂等固体制剂按三十万级要求
液体保健食品：口服液、糖浆液、饮料等最终产品可灭菌的按三十万级的要求，最终产品不灭菌的按十万级的要求。
特殊保健食品：如益生菌类等产品为十万级。酒类产品应有良好的除湿、排风、除尘、降温等设施，人员、物料进出及生产操作应参照洁净室（区）管理。
（三）车间布置
车间布置要点：
1.按工艺流程安排布置，合理安排各功能区的关系；
2.合理安排设备和材料，使之能有条不紊的进行工作，防止混杂和交叉污染，防止遗漏任何生产操作和控制步骤的事故发生；
3.洁净级别相同的房间尽量组合在一起（有利于风管布置，人、物流走向合理）；
4.洁净级别和卫生要求不同的房间联系要有防污染措施（气阀、传递窗、缓冲间等）；
5.合理安排人流、物流，应控制无关人员和物料输送不得通过正在操作区；
6.全车间人流、货流入口应尽量减少，这样有利于控制全车间的洁净度；
7.安排好各种暗敷管道的走向及竖井的布置；
8.合理存放待处理的不合格材料和半成品。
一个完整的车间平面布局应有以下功能区：1.仓储区（待检、合格品、不合格品）2.称量及前处理区（备料、称量、存放）3.生产区（各岗位）4.包装区（内包、外包）5.辅助区（清洗、清洁工具、工作服洗涤等）6.中间库（分散、集中）7.工程区（机房、配电）8.质检区 9.人物流通道、人员净化用室、物料净化用室。